No laboratório de Tomé Luz, ele passou a trabalhar de empregado junto com a Replóide Roll e até recebeu uma armadura de Replóide com capacetes, botas e dava até para contundi-lo como um Replóide mesmo. À medida que ele crescia, mais e mais modificações foram feitas em sua armadura para que ele se adaptasse ao tamanho e ninguém percebia que ele era um ser-vivo e não uma máquina. A sua percepção com a Força também ia aumentando e ele podia ajudar Tomé com esse novo poder. Seu propósito inicial era de ser um assistente de ferramentas em geral. Simplesmente estudando como era usada a ferramenta, Rocky podia copiar essa ferramenta usando um programa de Sistema de Ferramenta Variável, convertendo no assistente de laboratório ideal. Sua "Irmã" Roll (Não era realmente uma irmã senão mais bem uma colega), Roll, foi desenhada para realizar tarefas domésticas.
Em 128 anos ABMC, Mega-Homem conheceu companheiro de Tomé Luz o também cientista Dr. Alberto Guilherme, porém Guilherme era ganancioso e mal. Guilherme e Dr. Luz começam a fabricar Replóides mais rapidamente. Eles estudaram juntos na Universidade Galáctica da Robótica e com o tempo eles se tornam os maiores gênios da robótica na Galáxia e começam a trabalhar em um projeto de uma nova tecnologia que tornaria dos Replóides do Terceiro Império dróides com sentimentos e emoções humanas, chamados de os Mestres Replóides. Esses novos seriam mais avançados e corrigiriam as falhas dos outros Replóides comuns. Dr. Luz então cria Homem-Protó, seu primeiro Replóide com emoções Humanas, mas era apenas um protótipo do projeto que estava por vir. No entanto, o novo Replóide sentiu medo e fugiu do laboratório sem destino. Tomé Luz decidiu criar outro Replóide. Temendo que o comportamento de Homem-Protó tivesse sido devido ao fato de não terem uma equipe, Luz decidiu que o melhor seria criar seis novos Mestres Replóides ao mesmo tempo para que trabalhassem juntos. Estes Mestres Replóides foram Homem-Corta, um Replóide para lenharia; Homem-Operador, para escavação e construção; Homem-Gelo, para altas temperaturas; Homem-Bomba, para explosão e salvamento; Homem-Fogo, para altas temperaturas e Homem-Eletro, para lidar com as usinas da Energia Sol Negro. E mais Homem-Óleo, para manutenção de máquinas e por último Homem-Tempo, para pesquisas de viagem no tempo.
Seus objetivos eram ajudar a Galáxia de Orião com trabalho pesado e em condições que os Replóides comuns não agüentariam. Assim, como um protótipo com emoções vivas, deram-lhes o nome de Mestres Replóides. Quando o trabalho deles foi reconhecido pelo resto da Galáxia de Orião, apenas o Dr. Luz recebeu prestígio. Então, Guilherme, sedento de vingança, vende o incrível potencial dos Mestres Replóides para o Terceiro Império e faz uma aliança com o Imperador José Fobos, e começa a imaginar que, com eles a seu comando, poderia ter um enorme poder em suas mãos. Ao compartilhar seus planos de domínio com Luz e ter retorno negativo, rouba seu os 8 Mestres Replóides para obedecerem a ele e a Fobos.
Ele também encontra Homem-Protó recuperado pelas Fantomtropas e que iria ser destruído, mas Guilherme não deixou. Quebrado por causa de um mau-funcionamento interno. Guilherme consertou-o e utilizou suas especificações para criar um Individualista chamado Vigilante Joe. Enquanto analisava Homem-Protó, descobriu uma maneira de reprogramar os Mestres Replóides de Dr. Luz. Essa seqüência de eventos, colocadas em andamento, mais tarde se tornariam o propósito da existência de Mega-Homem.
Percebendo que seria muito difícil para os exércitos parar Wily sem prejudicar a Galáxia de Orião, Dr. Luz que algo tinha de ser feito. Devido ao seu sentido programado de certo e errado e Bem e Mau e suas habilidades na Força, Rocky se ofereceu para ser convertido de seu estado atual como um assistente de laboratório em um Replóide de Combate. Assim, a partir daquele dia em diante, ele se tornou conhecido como o: Mega-Homem e o seu nome Rocky Samara Logan foi esquecido. A partir desse dia em diante Mega-Homem voluntariou-se para combater as injustiças e que servia para apoiar e proteger a existência da Galáxia de Orião e da coexistência com Replóides dentro da sociedade, uma armadura de cor azul. Deu a armadura com um poder altamente destrutivo. Um Canhão-Buster no lugar de sua mão direita e a habilidade de copiar dados de outros Replóides.
Rocky então começou a confrontar as forças dos Individuais SA, a ala militar dos Replóides do Terceiro Império, para chegar aos oito Mestres Replóides ele teria que derrotar quase metade da guarda das SA. Ele o fez sem quase nenhum esforço e entrou na fortaleza de Guilherme para derrotá-lo de uma vez por todas. O próprio Guilherme ficou impressionado. Ele confrontou e venceu os oito Mestres Replóides um por um até derrotar em um confronto pessoal o Dr. Guilherme, e destruindo todo o restante do agrupamento militar dentro do seu castelo. Mega-Homem, em suas muitas aventuras contra centenas de inimigos, venceu sempre graças as: "Suas intenções puras e sua forte força de vontade."
Os dons sobrenaturais de Mega-Homem se revelaram cada vez mais fortes. Nisso, Guilherme votou e construíram outros oito Mestres Replóides, (Homem-Madeira, Homem-Rápido, Homem-Destruição, Homem-Quebra, Homem-Bolha, Homem-Infernal, Homem-Aéreo e Homem-Metal), Estes como os outros da última vez são todos derrotados por Mega-Homem que destrói os planos de Guilherme.
Guilherme então sem mais nada a perder, se junta a Luz e sela a paz com seu antigo inimigo. Porém os trai novamente e cria mais oito Mestres Replóides chamados de (Homem-Topo, Homem-Cobra, Homem-Gêmeo, Homem-Agulha, Homem-Sombra, Homem-Bolha, Homem-Difícil, Homem-Magneto e Homem-Choque), mas ele tinha a ajuda de um Replóide vermelho em forma de cachorro chamado Rush que o ajudou a destruir novamente os oito Mestres Replóides e o castelo de Dr. Guilherme. Enquanto criava um Replóide gigante criador de paz chamado Gama com o Dr. Luz. Dr. Guilherme rouba Gama quando ele estava perto de ser completado e o usa contra Mega Homem, que o derrota. Querendo vingança, Guilherme usa um último recurso, Homem-Próto (Uma espécie de clone da armadura original de Mega-Homem). A luta terminou com Mega-Homem vitorioso sobre Guilherme. Porém, o castelo começou a desabar, Mega-Homem escapou com a ajuda de seu cão-Replóide vermelho chamado Rush. E Guilherme escapa com a ajuda de Homem-Próto.
Com a suposta morte de Guilherme, a cidade estava em paz. É quando surgem oito novos Mestres Replóides: Homem-Mergulho, Homem-Broca, Homem-Congumelo, Homem-Claro, Homem-Faraó, Homem-Anel, Homem-Poeira e Homem-Crânio, mas desta vez foram construídos por Dr. Cossaco (Um cientista da República de Maria Isabel Samara destinado a pesquisar sobre os Replóides), começam um ataque à cidade. Após proteger a cidade, Mega-Homem vai atrás de Cossaco em sua Cidadela que servia como sua fortaleza em particular. Quando Mega-Homem estava enfrentando o Dr. Cossaco, Homem-Próto trai Dr. Guilherme libertando Kalinka (A filha do Dr. Cossaco que Guilherme havia seqüestrado e obrigado Cossaco a fabricar os Replóides) e Mega-Homem descobre que Guilherme era o responsável pelos crimes e o derrota. Após saber da traição de Homem-Próto, Guilherme foge mas é derrotado por Mega-Homem, mais uma vez. Com a explosão do castelo de Cossaco, ele foge novamente.
Meses depois, Dr. Luz é seqüestrado, e tudo indica ter sido Homem-Próto, já que seu lenço foi deixado na cena do crime. Com a ajuda de Urso, um Replóide em forma de pássaro criado por Dr. Cossaco, Mega-Homem derrota os novos oito Mestres Replóides: Homem-Onda, Homem-Estrela, Homem-Gravidade, Homem-Giro, Homem-Cristal, Homem-Incandecente, Homem-Pedra e Homem-Carga. Quando Mega-Homem chega até Homem-Próto, que está sem o lenço amarelo. Durante a luta, um Homem-Próto com lenço aparece e ajuda Mega-Homem. Esse era o verdadeiro Homem-Próto. O outro era Homem-Negro, criado por Dr. Guilherme para se passar por Homem-Próto e seqüestrar Luz. Mega-Homem então destrói Homem-Negro e seguido por Dr. Guilherme, libertando Dr. Luz do cativeiro. Mas com o teto desabando novamente, Guilherme foge.
Tempos depois, um misterioso milionário chamado Senhor X (Dr. Guilherme em um péssimo disfarce) realiza um grande torneio de luta entre Replóides. Mas tudo não passava de um plano para roubá-los e usá-los num plano de dominação da Galáxia de Orião. Mega-Homem derrota os novos oito Mestres Replóides: Homem-Liquidar, Homem-Yamato, Homem-Cavaleiro, Homem-Centauro, Homem-Vento, Homem-Chamas, Homem-Nevasca e Homem-Planta, enviados por Sr. X e descobre sua real identidade: Dr. Guilherme. Como sempre Guilherme é derrotado, mas desta vez é preso! Na capa do jornal aparece a manchete: "Guilherme agora domina uma cela da prisão!"
Mas Guilherme não ficou preso por muito tempo. Quatro de seus Mestres Replóides, que estavam programados para se auto-ativarem, o retiram da prisão. Como esperado, Mega-Homem destrói os Mestres Replóides encontrando gravemente ferido no caminho Bossa, e o leva para o seu laboratório para reparo. Para sua surpresa, Mega-Homem encontra o laboratório quase todo destruído logo depois e descobre que Bossa estava por trás da destruição. Ele também acredita que Bassa roubou os planos do adaptador SuperRush que era uma atualização destinada a Mega-Homem e a Rush. Uma surpresa maior ainda é revelada quando o Dr. Guilherme aparece na tela para contar a Mega-Homem e a Dr. Luz que Bassa foi sua melhor criação, e os antigos eventos eram um complô planejado por Guilherme por um tempo.
Bossa foi criado pelo Dr. Guilherme após este ter descoberto por acidente o "Bossânio", a energia mais forte existente naquela época. O nome de Bossa deriva desta poderosa energia. Agora o objetivo de Mega-Homem é encontrar Bossa e derrotá-lo antes de prosseguir em derrotar o Dr. Guilherme. Mega-Homem considera que a luta com Bossa é uma tarefa difícil considerando que ele e seu cão-Replóide Triplo estão usando o adaptador de Rush. Mega-Homem depois de derrotar Alberto Guilherme, mais uma vez, e desta vez ameaça matá-lo, prendendo Guilherme no ponto Mega-Buster! No entanto, Mega-Homem hesita quando Guilherme diz: "Você não pode prejudicar os Humanos. Você é apenas um dróide." Naquele momento, Bossa chega para salvar o cientista e o castelo desaba em chamas. Mega-Homem já sabe Bossa não é um ser confiável.
Como Mega-Homem estava lutando pela Galáxia de Orião, ele recebe um telefonema para ir até a uma misteriosa ilha desconhecida. Ele chega rapidamente ao local, e tem que derrotar um Replóide em formato de animais marinhos, e logo depois encontro o Dr. Guilherme, que revela que esta era a sua base, deixando com uma esfera brilhante com a energia. Surpreso, Mega-Homem encontra um Replóide ferido, e retorna para o laboratório do Dr. Luz com o Replóide. Soa muito como a situação com Bossa. Dr. Luz depois informa Mega-Homem que Alberto Guilherme estava com quatro outros Mestres Replóides causando destruição por toda a Galáxia de Orião, e envia Mega-Homem para cuidar deles.
Depois de derrotar os Mestres Replóides, Mega-Homem retorna ao laboratório com cápsulas de energia que ele encontrou. Como Doutor Luz estudou as cápsulas de energia, o Replóide ferido se liberta e vai para o mundo desértico de Gondor. Mega-Homem logo vai atrás dele, luta contra ele, e o Replóide escapa. Homem-Próto chega logo depois, e informa a Mega-Homem que o castelo de Guilherme está logo à frente. Mega-Homem não tinha muito tempo para conversar como ele, pois ele tinha que ir em frente.
Antes de Mega-Homem seguir para a nova Fortaleza de Guilherme, ele é capturado por um novo Replóide e ele era enorme. Como o pior parece inevitável, o Replóide ferido de vem em seu socorro e salva Mega-Homem. Mais tarde, ele se identifica como Duo, o destruidor da energia maligna do tipo de Mega-Homem encontrou anteriormente. Ele também informa Mega-Homem que ele deve derrotar mais quatro Mestres Replóides antes de conseguir entrar na fortaleza de Guilherme. Duo e Mega-Homem se dividem. Duo vai destruir o resto da energia maligna, e Mega-Homem vai para destruir os outros quatro Mestres Replóides.
Mega-Homem derrota os Mestres Replóides com facilidade, e se infiltra na Fortaleza de Guilherme para encontrar Bass tomado com o poder da energia mal. Bossa era difícil, mas Mega-Homem prevaleceu e encontrou Guilherme. Como Mega-Homem tem que derrotar o Doutor, ele foi novamente capturado por um campo de energia. Mais uma vez, Duo veio para resgatá-lo com Homem-Próto ao seu lado, e salva Mega-Homem deixando o caminho livre para Guilherme. Duo é ferido neste ponto, e Mega-Homem diz para Duo cuidar de Homem-Próto enquanto Mega-Homem cuida de Guilherme. Depois de Mega-Homem derrotar Guilherme, ele é tomado pela energia do mal, e rapidamente perde a sua energia. Mais uma vez, Duo vem para resgatá-lo e absorve a energia mal de Mega-Homem depois de deixar a Fortaleza desmoronar. Como Mega-Homem desperta, Duo se foi e Homem-Próto está sentado em uma árvore atrás dele. Homem-Próto diz a Mega-Homem que Duo tinha uma mensagem. Ele disse: "Obrigado."
Um novo robô chamado Rei, dito ser o mais forte Replóide de toda a Galáxia de Orião, começou a recrutar outros Replóides para formar um novo exército de Replóides. Mega-Homem foi parar o próprio Rei, auxiliado por sua surpresa por Bossa, que o ofendeu sobre as afirmações de Rei ser o mais forte Replóide. Depois de derrotar os oito novos Mestres Replóides.
Anos se passaram e todos estava em paz, quando 8 novos Mestres Replóides começaram um ataque contra a Galáxia de Orião, e Guilherme rapidamente fez uma transmissão alegando estes Replóides foram criados pelo Dr. Luz, e ele é o culpado pelos ataques na Galáxia desta vez. Não acreditando nas palavras de Guilherme, e Mega-Homem teve que encontrar um jeito de limpar o nome de Luz. Mega-Homem teve de agir rápido, porque os Guardas logo chegaram para prender o Dr. Luz logo depois.
Mega-Homem foi confrontar os oito Mestres Replóides, e descobriu um terrível segredo. Todos esses Mestres Replóides deviam ser destruídos porque a data de validade tinha expirado! Acontece que, Alberto Guilherme tinha persuadido esses Replóides para se revoltarem ao invés de serem destruídos.
Mega-Homem logo chegou à nova fortaleza de Guilherme. Sua missão era confrontar o Dr. Guilherme, e libertar Luz, e devolver a paz a Galáxia de Orião conhecida. Mega-Homem alcançando apenas isso, mas como ele tinha Rush conseguiu enfrentar um Replóide em forma de Koopa gigante parecendo um esqueleto Humano. Mas o Guilherme diz que o Dr. Luz estava preso no castelo e que ele estava doente. Foi uma escolha entre salvar Dr. Luz e matar o Dr. Guilherme. Mas na verdade Homem-Próto diz que ele era um Replóide que Guilherme usou para fazer com que ele se parecesse com Luz, enquanto Mega-Homem o enfrentava, o Dr. Guilherme fugiu e acionou o controle de autodestruição do castelo, mas Homem-Próto o salvou de ser explodido com o castelo novamente.
Uma nova epidemia, Reploidência parece ter se espalhado em todos os lugares ao redor e ataca somente os Replóides. Quase todos os Replóides se contaminam inclusive Roll. Ao pesquisar, Mega-Homem descobre que o vírus na verdade deixa os Mestres Replóides com sentimento de ódio, revolta. Ela fica doente após retornar de um dia de reparos. Mega-Homem rapidamente assume que Guilherme possa está por trás de tudo isso, mas, para sua surpresa, Guilherme diz que tem a cura! Depois de derrotar outro conjunto de oito Mestres Replóides bastante conhecidos contaminados com o vírus, e Mega-Homem rapidamente descobre que Guilherme criou o Reploidência e que não era muito uma surpresa. Depois de descobrir todas essas informações necessárias para terminar com Guilherme.
Ele finalmente chega ao esconderijo de Guilherme, que na verdade era um Replóide controlado pelo verdadeiro. Após o real Dr. Guilherme escapa em sua Guilherme Mecâ, Mega-Homem então decide levar o Replóide Guilherme para um Centro Médico que finalmente encontra a cura para o Vírus Reploidência destruindo o Replóide Guilherme. Em suas últimas palavras antes de Mega-Homem o levasse às pressas para o hospital foram: "Mas eu sou Humano!", mas a comunidade diz que há mais vírus semelhantes que afetam os Replóides, nisso o Imperador Fobos fica furioso, pois um vírus poderia afetar todo o seu Exército de Replóides e Individuais SA. O Doutor Guilherme finalmente deixa a cura da Reploidência em sua sala de hospital antes de partir.
Enquanto caminhava por uma rua deserta à noite e sozinho, Guilherme encontra um Replóide vermelho aparentemente como Mega-Homem, mas que carregava um Sabre-de-Luz verde como os antigos Cavaleiros Jedi, para a surpresa de Guilherme, ele conhecia as origens humanas de Mega-Homem e ele contou tudo isso para Guilherme, que o prendeu e injetou-lhe um Vírus Individual, então Guilherme descobriu quem era o misterioso Replóide, era: Zero. Tendo descoberto tudo isso, Guilherme injeta a energia Bassânio em Zero, fazendo-o ficar ainda mais forte. Tudo isso levou Guilherme a contar a verdade sobre o filho de Samara escondido no planeta para o Imperador que resolveu agir sem piedade.
Após o Imperador descobrir tudo sobre a origem do Falso-Replóide, ele despede Guilherme de seu antigo cargo anterior por suas falhas em capturar Mega-Homem deixando-o revoltado. Guilherme então cria um plano secreto junto com Zero para tentar usurpar o poder de Fobos e tomar para si o título de Imperador do Terceiro Império Galáctico. O Imperador decide assumir o controle da situação.
Ele ordena que suas Fantomtropas dirigiam-se ao Laboratório de Tomé Luz, que é pego de surpresa, mas que estava lotado de Replóides de Defesa. Rush é destruído, Roll também nas escadas, Mega-Homem tenta impedi-los, mas é fraco demais. E Luz ordena que ele fuja para uma cápsula de resfriamento, ele diz que lhe daria instruções no futuro, Mega-Homem chora na cápsula ao lado de Luz. Nisso, Homem-Protó e Bossa levam Luz ao esconderijo secreto deles, mas são capturados por Zero, modificado por Guilherme para agir, nisso as Fantomtropas prendem os quatro e os levam para desativação. Enquanto Tomé Luz foge e seu paradeiro é desconhecido.
Todos os Replóides são desativados por ordens superiores por mais de cem anos para a averiguação de dados de vírus. Então um século se passa. Mega-Homem ainda está vivo graças ao confronto de sua cápsula e por sua Influência com a Força, nisso Mega-Homem desperta, ele foi encontrado pelo cientista botânico Dr. Lênin, que se surpreende mesmo não sendo a sua aera de atuação e numa tentativa de copiar a armadura de Mega-Homem e criar seus próprios dróides, acaba criando um novo Exército de Replóides trabalhando por 3 meses. A novidade logo foi aceita pelos habitantes da Galáxia, menos pelo Imperador que sabia dos riscos do Vírus. E ele tinha razão, os Replóides de Lênin reativaram os anteriores Individuais da SA desativados com uma ajuda de um Replóide: Zero.
Após isso, Lênin se sentiu responsável por ter causado uma grande Guerra Galáctica e ter ajudado o Terceiro Império a conquistar a Galáxia ainda mais. Para combate as ameaças dos Individuais SA. Lênin criou os Caçadores de Individuais com a ajuda da República de Maria Isabel Samara que eram liderados por um Replóide possuidor dos melhores aparelhos neurais da época e que, assim, não se rebelaria. Seu nome: Sigma, criado pelo próprio Lênin. Mega-Homem após ser despertado fica admirado com o que se passado ao redor da galáxia em todo esse tempo e com o a tecnologia avançou. Ele também escapou do laboratório onde estava sendo mantido preso e um homem velho chamado de Guilherme Aragorn Logan chega até ele e diz que ele deve iniciar a Iniciativa dos Força-Destinados. Ele também pergunta sobre que era Darth Mama e o velho diz que era a sua mãe, a mãe verdadeira dele.
Chocado com a descoberta ele volta para o laboratório para relembrar sobre tudo, pensando em Roll, Rush e de alguma forma a mais em Tomé Luz, a quem até a aquela hora ele tinha considerado com seu pai. Agora ele era um Replóide conhecido com X e tentando se adaptar ao novo ambiente, ele aceita a ajuda de Guilherme Aragorn Logan e diz que ele deve salvar a Galáxia do Imperador José César Fobos. Mais tarde Mega-Homem recebe um chamado de Logan e vai para deter Ganondorf (Um Lorde Sith) em uma cidade juntamente com Samus Aramovich que diz ser a sua irmã que estava causando alguns problemas pela Galáxia de Orião, ali ele consegue salvar um velho homem e é atingido por Ganondorf, mas com a ajuda de Mileena Nayame, ele consegue vencê-lo. Na nave de Logan, aparece Artur Link Samara Logan para lutar contra Ganondorf, ele novamente sai da nave apesar dos avisos de Samus Aramovich de ficar ali. Ele observa a luta de Mileena e Artur Link e pede a Link para largar a Espada Mestra.
Artur Link o atinge com a Espada Mestra, mas Mega-Homem coloca o seu escudo na frente, o impacto destruiu uma parte da floresta no local. O capturado Ganondorf tenta convencê-los a lutarem uns contra os outros devido a manipulações. Então, Mega-Homem segue Mileena e descobre sobre o que a República de Maria Isabel Samara estava fazendo secretamente, eles estavam estudando a Faísca a Toda e a Energia Sol Negro, Mega-Homem então começa a discutir com Mileena enquanto um míssil atinge o Aeróstato Estrelar onde todos estão. Mileena e Mega-Homem vão ajudar a reconstruir a nave e a deter os inimigos que conseguem libertar Ganondorf de sua cela. Ganondorf vai para um dos prédios e de lá Mileena tenta o surpreender, mas é derrotada por ele. A Faísca a Toda tinha ativado o Exército do Subespaço abrindo um portal e todos os Força-Destinados (O grupo formado por Mega-Homem, Artur Link, Mileena Nayame, Samus Aramovich, Mário Jorge, Luigi e Pikachu) tinham que deter o Emissário do Subespaço, Mega-Homem consegue salvar um edifício quase morrendo no processo, destruindo uma Bomba do Subespaço.
O grupo opta pela contenção até que surge sua mãe Darth Mama e o Imperador José César Fobos que ajudar na luta contra o Exército do Subespaço (Ganondorf havia traído seu Mestre Sith), finalmente o portal do Subespaço é fechado por Samus e ele vai embora. Com a missão concluída, o grupo dos Força-Destinados então vão se separam. Ganondorf é preso por Artur Link e a Faísca a Toda é devolvida ao Reino de Hyrule no mundo de Hyrule. Mega-Homem volta para o seu lar depois disso.
Mais tarde, um Replóide chamado de Zero volta e começa a atacar vários Replóides. Para evitar mais perdas, Sigma foi pessoalmente lutar contra Zero, depois deste ter destruído seu exército. Ele quase perde, contudo, por sorte, Zero teve um defeito no meio da luta (Seu cristal começou a brilhar e um W apareceu neste) baixando a guarda para Sigma que se aproveitou da chance para destruir o cristal de Zero com um soco, vencendo a luta. Isto terminou sendo um desastre quando o próprio Sigma se infectou com o Vírus Individualista, ao lutar contra Zero. Sigma luta contra ele e o derrota, mas Zero passa o vírus Individualista para Sigma e ao se transformar nele mesmo em um Individualista, levou quase todos os Caçadores de Individualistas com ele para iniciar uma revolta. Zero foi consertado por Dr. Lênin e teve sua memória apagada, provavelmente pelo soco, embora ainda houvesse borrões de memória em sua mente.
Ao perceber que os Replóides são superiores à todas as espécies de alienígenas de Orião, Sigma reúne vários Caçadores para se tornarem Individualistas e, supostamente, destrói a Base dos Caçadores com uma chuva de mísseis. X tenta deter Sigma mas é impedido por Vile, um ex-Caçador de Individualistas que teve problemas em seu cérebro e foi desativado, mas que agora trabalhava para Sigma. Vile quase destrói X, mas ele é salvo por Zero, que convence X a continuar lutando. Para acabar com os planos de Sigma, X parte em direção a base de Sigma, que ficava em cima de um rochedo voador. X enfrenta os Caçadores de Individualistas mais poderosos da época, que o desprezavam por ser um Caçador de Nível B. X também encontrou várias cápsulas contendo partes de uma armadura criada pelo Dr. Luz, especialmente para uma ocasião como esta. Não se sabe ao certo se o holograma que aparece nas cápsulas são mensagens gravadas ou uma forma de inteligência artificial. Após finalmente derrotar os seguidores de Sigma, X e Zero invadem a base dele, mas Zero acaba sendo derrotado por Vile. X tenta ajudar mas não consegue fazer muito. Zero, em um momento de desespero, explode a armadura robótica de Vile, equilibrando a luta, mas ficando severamente danificado. Após a aparente destruição de Zero, X absorve a arma de Zero, a Buster Zero. Tendo uma das armas mais fortes, o Buster Zero X. X destrói Vile e Zero diz a ele que ele pode derrotar Sigma e morre. X enfrentou mais alguns robôs que guardavam a fortaleza e finalmente encontrou Sigma, que acabou sendo derrotado, para a surpresa de ambos. Mas a luta estava longe de acabar e Sigma ataca X com um poderoso novo corpo, chamado de Lobo Sigma, que também é eliminado por X, que escapa da base antes de ela cair na água e desaparecer.
Seis meses se passaram e X se tornou líder dos Caçadores de Individualistas. Dr. Lênin deu a ele informações de que os últimos seguidores de Sigma estavam escondidos em uma fábrica abandonada de Mecânilóides (Replóides incapazes de pensar). X acabou tendo que destruir um Mecanilóide Gigante para escapar. Mal desconfiava ele que estava sendo observado por três Individualistas : Violeta, Serges e Agilidade, os Caçadores-X. X enfrentou mais alguns Individualistas que estavam sendo usados pelos Caçadores-X para impedir de X de atrapalhá-los, mas após algumas vitórias de X, eles foram obrigados a se revelar e obrigar X a enfrentá-los, pois eles tinham as partes de Zero, embora não conseguissem ressucitá-lo sem o Dispositivo de Controle. X conseguiu derrotar os Mavericks restantes e recuperar as partes de Zero. Dr. Lênin descobriu que a base dos Caçadores-X era localizada em um planeta gelado e enviou X até lá enquanto tentava consertar Zero. X destruiu os três Caçadores-X, mas descobriu que eles estavam sendo usados por Sigma o tempo todo. Sigma apareceu com uma versão negra do Zero construída a partir das partes roubadas , porém o verdadeiro logo apareceu e destruiu a cópia (Usando seu Sabre-Z pela primeira vez). Sigma revela que Zero estava destinado a seguí-lo, mas Zero decide enfrentá-lo. X parte atrás de Sigma e o derrota novamente, enquanto Zero destrói o computador central de Sigma. Antes de desaparecer Sigma dá a entender que conhece o Dr. Alberto Guilherme.
Mesmo assim a paz não durou muito e houve mais dois incidentes foram relatados. No primeiro, dois Individualistas chamados Zain e Geemel sequestraram Tecnológico e depois de fazer uma lavagem cerebral nele, o obrigaram a entrar no computador principal da Base dos Caçadores. Middy, o "Gêmeo" de Tecnológico ajudou os Caçadores de Individualistas a derrotar os vilões, mas Tecnológico acabou morrendo, pois teve que conectar o próprio cérebro ao computador, e como ambos compartilham a mesma CPU, Tecnológico matou também Middy. Com ajuda de um Middy gravemente ferido, X entra no ciberespaço, onde descobre que Sigma tem persuadido Tecnológico. Descobre-se que Zain e Geemel eram capangas de Sigma. X, devastado e cheio de fúria contra Sigma, decide vingar a morte de seu amigo e o derrota novamente.
Algum tempo mais tarde, um famoso cientista Replóide chamado Dr. Doppler inventou um Dispositivo Neural que conseguiria inibir completamente o comportamento Individualista de um Replóide. Em pouco tempo não havia mais Individualistas e os seguidores de Doppler construiram a Vila Dopple, uma cidade pacífica onde eles viviam. Porém os Replóides que supostamente haviam deixado de agir como Individualistas começaram a causar confusão, e X e Zero partiram para trazer Doppler à justiça. Algumas horas depois um contato de emergência fez com que os dois Caçadores voltassem à base que estava sob ataque. Ao entrar, X é capturado por Mac, um Caçador de Individualistas que se uniu ao exército de Doppler, mas é resgatado por Zero. Depois de controlar a rebelião, X e Zero começaram a investigar a Vila Dopple, e X derrotou alguns Individualistas que viviam lá. Isso fez com que Dr. Doppler mandasse Bit e Bite, seus fiés ajudantes, atrás de X, assim como Vile, que havia sido reconstruído e queria vingança. X venceu todos eles e após acabar com todos os Mavericks da Vila Dopple invadiu o laboratório de Doppler. Dr. Cain descobriu que Doppler criou um poderoso corpo de batalha, mas que o próprio Doppler não poderia usá-lo, o que levou X e Zero a suspeitar que Sigma estivesse envolvido. Quando X encontrou Doppler, este o convidou para se juntar a ele no novo mundo que ele queria criar, mas X tratou de vencer, trazendo Doppler de volta a razão, e descobrem que o vírus e Sigma são um só, o que explica o por que Sigma revive uma e outra vez. X então lutou contra Sigma, que sendo derrotado mais uma vez decidiu possuir X, que fugiu mas ficou encurralado. Antes que Sigma pudesse fazer algo, Zero apareceu e usou um Antivírus criado por Doppler em seu Sabre para deter Sigma.
Depois, vários Reploids perderam suas "Almas DNA", que foram roubadas por Berkana, que queria aumentar seus poderes. X e Zero enfrentaram ela e seu ajudante Gareth com a ajuda de uma navegadora em treinamento, Íris.
Novamente Sigma usou outros Replóides em seus planos, dessa vez a organização militar conhecida como a RepliForça, que era controlada pelo General. Sigma enviou um Mecânilóide gigante para destruir a cidade flutuante Lagoa dos Céus em Coruscante. X e Zero chegaram tarde demais e Dragão Magma, um Caçador da Décima Quarta Unidade, informou eles que já era tarde demais. Furiosos os dois Caçadores foram atrás do Mecânilóide e o destruiram. Coronel, que era um dos membros mais importantes da RepliForça, logo apareceu e os Caçadores pediram que ele os acompanhasse até a base, mas tiveram o pedido negado. Por causa disso toda a RepliForça foi acusada de ser uma organização Individualista. General então decidiu tornar a RepliForça independente, criando uma estação espacial chamada "Arma Final". X e Zero tentaram impedir os planos de General, sendo ajudados por Duplo, um Caçador novato, e Íris, a irmã de Coronel, que pediu a Zero que não lutasse com seu irmão. Mesmo com vários membros da RepliForça derrotados, incluindo Dragão, que traiu os Caçadores de Individualistas, General conseguiu ir para espaço. Zero tentou detê-lo mas teve que lutar com Coronel, que acabou morrendo. Isso deixou Íris triste e ela fugiu junto com a RepliForça. X e Zero invadiram a Arma Final e X teve lutar com Duplo, que revelou ser um espião, assim como Zero teve que combater Íris, que usou o poder do seu irmão para virar um Replóide de Guerra. Ela e Double acabaram mortos e os dois Caçadores foram atrás do General, que decidiu lutar por seus ideais, mas acabou vencido. Para a surpresa de todos a Arma Final começou a funcionar mirando em um planeta populoso. X e Zero partiram para descobrir quem a estava controlando e tiveram que lutar contra Sigma mais uma vez que havia influenciado Dragão Magma a atacar a base em Coruscante. Assim os Caçadores e a RepliForça se destruiriam um ao outro deixando o caminho livre para Sigma e seus Individualistas conquistarem a Galáxia de Orião para Fobos. Embora o tivessem vencido, já era tarde demais para impedir o tiro. General pediu desculpas e usou o próprio corpo para parar a arma, morrendo no processo e explodindo a Arma Final. X e Zero escapam em naves antes da explosão.
A RepliForça foi erradicada por completo, mas algum tempo depois Sigma ataca novamente, dessa vez com um plano ainda mais perigoso. Ele contrata os serviços de Dínamo, um Caçador de Recompensas Replóide, que ataca a colônia espacial Eurásia, fazendo-a entrar em rota de colisão com os Mundos do Núcleo. Enquanto isso o próprio Sigma aparece e X e Zero partem atrás dele. Sigma é derrotado, mas isso era tudo parte do seu plano, pois a destruição do seu corpo espalhou o vírus Sigma por todo os importantes planetas a Galáxia de Orião. Os Caçadores de Individualistas, com o auxílio de novos aliados, Alia (A navegadora de bordo), Douglas (O mecânico), Salvador (Um Replóide de resgate) e Signas (O novo líder), pensam em alguma maneira de deter a colisão da colônia, decidindo usar o "Enigma", um gigantesco canhão laser. Para tanto eles precisavam de equipamentos para melhorar o desempenho do Enigma, e X e Zero partiram para consegui-los, tendo que destruir antigos conhecidos que foram infectados. Mesmo com as melhoras, o Enigma falha e a única esperança é uma Nave Espacial tripulada. Alguém deveria pilotá-la, fazendo com que ela colidisse com a colônia. Depois de conseguir mais equipamentos e enfrentar mais inimigos, Zero pilota a nave, que destrói a colônia, embora alguns destroços ainda caiam em Zaloriis, um planeta desconhecido. Zero consegue escapar da explosão e depois de voltar à Terra é resgatado por Salvador. Quando todos achavam que tudo estava acabado Alia descobre que o vírus da colônia se misturou com o vírus Sigma, criando o Vírus Zero. X e Zero vão investigar o novo vírus encontrando alguns obstáculos, até que X reencontra Zero e pede a ele que volte para a base. Zero nega e a discussão leva os dois a se enfrentarem. A luta termina em um empate, pois os dois acabam desmaiando. Sigma então aproveita a chance para tentar matar X, mas é impedido por Zero. Sigma então convida Zero para enfrentá-lo. Após a batalha final contra Sigma, Zero acaba muito danificado, perdendo um braço e as pernas. X o encontra e tenta acordá-lo, mas ambos são atravessados por um raio disparado por Sigma. Zero então usa sua Buster-Z para destruir Sigma. X, embora tenha sido gravemente ferido, é salvo pelo holograma do Dr. Luz, então ele herda o Sabre-de-Luz Jedi de Zero e continua lutando como um Caçador de Individualistas.
Três semanas se passaram depois do incidente, e os Replóides mal conseguem trabalhar na restauração das cidades destruídas. Portal, um cientista Replóide, analisa o local onde caíram os destroços da colônia Eurásia e encontra um pedaço estranho de metal. Algum tempo depois Portal aparenta ter virado um Individualista. X, adormecido na base é despertado por Alia, que avisa que um Mecânilóide está causando problemas. X é enviado para o local da colisão, onde encontra o Mecânilóide e consegue destruí-lo. Porém um Replóide roxo com a forma de Zero aparece e dá o golpe final no Mecânilóide. Logo em seguida Max Alto, um Replóide misterioso, aparece e luta com X, mas o Caçador não consegue causar nenhum dano em Max Alto, que vai embora. Depois disso, durante um pronunciamento, um Replóide chamado Isac alerta a todos sobre o fenômeno "Pesadelo", que consegue transformar Replóides em Individualistas e que é causado por um "Fantasma" de Zero, conhecido como "Pesadelo Zero". Isac pede que os Replóides de toada a Galáxia de Orião ajudem os oito investigadores que foram enviados para as áreas suspeitas. X também parte para essas áreas (Uma delas é a quarta lua de Yavin, Yavin IV, onde está o Comandante Yammark morando nas ruínas Massassis), salvando os Replóides inocentes e enfrentando os Investigadores. X acaba enfrentando o Pesadelo Zero e o derrota.
Para sua felicidade, X descobre que Zero não morreu, apesar do estado em que tinha ficado no final de sua última aventura juntos. Após voltar à base, Zero aceita ajudar X a enfrentar os Investigadores. Zero acaba encontrando Max Alto e o derrotando, para a alegria de Isac, que parece saber mais do que aparenta sobre Zero. Portal então revela a localização de seu laboratório (Que por coincidência fica em Zaloriis, debaixo dos destroços da colônia), que é invadido por X e Zero. Após ter mais criações suas destruídas Portal revela o que o ajudou a criar Max Alto e o Pesadelo, um pedaço do Zero, que ele havia encontrado nos destroços da colisão. Max Alto enfrenta os Caçadores e é destruído (X usa um poderes que obteve dos Mestres Replóides que derrotava pelo caminho), o que obriga Portal a usar o DNA de Zero em si mesmo, mas ele também é derrotado. Portal então revela que ele havia ressuscitado Sigma para uma situação como essa, mas o próprio Sigma mata Portal. Os Caçadores percebem o corpo de Isac imóvel no chão antes de enfrentarem Sigma, que parece não estar totalmente consciente. Após a vitória, Alia, Douglas e Signas se reúnem aos seus amigos. Zero questiona por que X havia trazido o corpo de Portal junto, e X diz que sabe o que é perder um amigo, entregando Portal para Alia. Alia os agradece, e juram reconstruir a Galáxia de Orião juntos. Dínamo volta tentando conseguir as "Almas de Pesadelo" para ficar mais forte, mas é novamente derrotado.
Mesmo com toda a destruição causada nesses incidentes os Replóides conseguiram restaurar as cidades destruídas. Ao mesmo tempo, X decidiu que não queria mais lutar, tentando encontrar outras soluções. Infelizmente os crimes cometidos por Individualistas voltaram a crescer, e para preencher o vazio deixado por X, uma nova organização foi criada: o Sindicato Alerta Vermelho, comandado por Vermelho. Um dos membros chave era Axl, um Replóide com uma misteriosa habilidade de clonar Replóides usando seu DNA, uma habilidade muito apreciada por Vermelho, que durante uma missão encontrou Sigma, que mostrou a Vermelho como poderia aumentar os seus poderes do DNA coletado por Axl. A Alerta Vermelho começou então a atacar Replóides inocentes, o que fez Axl deixar o grupo. Sigma exigiu que Vermelho trouxesse Axl de volta, e então Vermelho percebeu que tinha sido usado o tempo todo e negou-se, mas Sigma o obrigou controlando os outros membros do Alerta Vermelho e dizendo que eles só voltariam ao normal se Vermelho obedecesse. Sem escolha, Vermelho enviou um Mecânilóide e tropas atrás de Axl, que acabou encontrando Zero em sua fuga. Depois de destruírem o Mecânilóide, Axl foi levado à base dos Caçadores, onde foi severamente repreendido por X. Vermelho enviou uma mensagem desafiando os Caçadores, e quem vencesse ficaria com Axl, que consegue convencer X a deixá-lo ajudar Zero, embora o próprio X ficou de fora da luta. Após algumas lutas e vários resgates de Replóides inocentes, X decide lutar também para acabar com o conflito. Após derrotarem a maioria dos membros do Alerta Vermelho, os três Caçadores partem para o "Palácio Vermelho", a base de operações de Vermelho, que é vencido e morre soterrado após a luta. Os Caçadores então vão atrás do "Professor" mencionado por Vermelho e descobrem ser Sigma, que é vencido novamente. Axl chama X e Zero para fugirem mas é barrado por Sigma, que apesar de enfraquecido, consegue lançar Axl longe com um soco. Sigma promete voltar com um novo corpo, e nesse momento Vermelho aparece, atacando X e Zero. Sigma tenta absorver Vermelho, mas então leva um tiro no queixo ao descobrir que era Axl copiando Vermelho, mas o garoto é lançado contra uma parede e desmaia. Quando ele acorda ele diz a X que merece algum crédito pelo que fez, mas mesmo assim X nega o pedido de Axl para virar um Caçador de Individualistas, o que faz Axl decidir continuar enfrentando Individualistas até que X concedesse seu pedido. Douglas não aparece nessa aventura, nem se tem notícias dele.
Após a derrota do Alerta Vermelho uma nova geração de Replóides é criada, da qual Axl era apenas um protótipo. Essa geração contém "Dispositivos de Cópia", capazes de copiar a forma de qualquer Reploid, e também imunes a qualquer tipo de vírus. Um desses Replóides, chamado Lumine, é escolhido para chefiar o projeto do Elevador Jacobo, criando um gigantes elevador orbital para facilitar a conquista do espaço. Certo dia ocorre um acidente no elevador, e um dos carros é lançado no chão. X chega primeiro ao local e vê Sigma saindo de dentro do carro, e logo um exército de Sigmas aparece, e no meio deles está Lumine e X percebe que todos os Sigmas eram Replóide com Dispositivos de Cópia. Lumine comenta que eles apreciavam a imudade aos vírus e que mesmo copiar alguém como Sigma não causava nenhum problema. Alguns dias depois Alia informa que um Mecânilóide está atacando o estranhoso ponto "Galápagos", enviando X e Axl até lá. Axl finalmente se tornou um Caçador de Individuualistas. Elelogo se junta a com Zero e destroem o tal Mecânilóide, apenas para se reencontrar com Vile, que trazia Lumine preso e desmaiado com ele. Vile então vai embora, deixando os Caçadores confusos. Logo em seguida duas novas navegadoras são apresentadas, Advogada (Que parece ter um queda por Zero) e Pallette (Que cuida do laboratório). Os Caçadores partem em várias missões enfrentando os Replóides da nova geração, e descobrem que nos Dispositivos de Cópia há o DNA de Sigma. Após derrotarem os Individualistas, os Caçadores recebem uma mensagem do próprio Sigma e então decidem ir atrás dele usando o Elevador Orbital Jakobo. No topo dele eles enfrentar Vile, e então partem para uma base espacial, onde eles enfrentam Sigma, descobrindo que era apenas um Replóide copiando o vilão. Alia então detecta Individualistas na superfície de um planeta inabitável, e os Caçadores partem para lá na esperança de derrotar Sigma de uma vez por todas. O próprio Sigma se mostra muito poderoso e diz que pretende criar uma nova Galáxia de Orião, como todo bom vilão megalomaníaco, e como era de se esperar acaba sendo derrotado. Nesse momento os Caçadores encontram Lumine, que os ataca. Após ser vencido Lumine revela que ele está apenas deixando a evolução seguir seu caminho e muda para uma forma muito mais poderosa. Lumine pranejava substituir todos os Replóides com os "Replóides da Nova Geração" que têm instalados um Dispositivos de Cópia e, pelas palavras de Lumine, conseguem de "Se tornarem Individualistas a vontade." Após uma luta árdua, Lumine usa "Paraíso Perdido", sua maior técnica para tentar derrotar os Caçadores, mas falha. Após ser vencido, o corpo de Lumine começa a rachar e Axl se aproxima, somente para ser atingido por um tentáculo que sai de dentro de Lumine, exatamente no cristal em sua testa. X destrói Lumine com sua Buster-X e ele e Zero voltam para a base pelo elevador. Zero pensa que provavelmente esse foi o fim de Sigma, enquanto X se questiona se Lumine estava certo. O cristal de Axl emite um brilho estranho. A batalha com Lumine deixou X perguntando-se se realmente era o destino de todos os Replóides se tornarem Individualistas no final das contas, enquanto carregava ao inconsciente Axl de volta para casa. No entanto, Zero diz-lhe que se é seu destino se tornarem Individualistas, deveriam seguir lutando, não só contra seus inimigos, senão contra o destino propriamente dito. Com estas palavras, X de alguma maneira sente-se melhor, e voltam para casa. O pouco que se sabe depois disso é que a produção de Replóides com Dispositivos de Cópia parou após o incidente, mas retornou após alguns anos.
